通行本內容與敦煌本大同小異的不再列出。
以下是與敦煌不同或為敦煌所不載的部分。
3.1 行由1
1）「﹝五﹞祖一日喚門人總來…『各作一偈來呈吾看。』」（大48，頁348b）
師設話頭。
2）「﹝神秀﹞…偈曰，身是菩提樹，心如明鏡台，時時勤佛拭，勿使惹塵埃。」（同上）
弟子于師言下，以偈答其所悟。
「﹝五﹞祖曰…未見本性。」（同上）
師評弟子。
3）「﹝惠能﹞偈曰，菩提本無樹，明鏡亦非台，本來無一物，何處惹塵埃？」
弟子于師言下，以偈答其悟。敦煌本的兩偈，通行本並為一偈，「本來無一物」不見於敦煌本。
「﹝五﹞祖見眾人驚怪…將鞋擦了偈，曰，亦未見性。」（頁349a）
師評弟子。﹝惠能﹞見性，五祖怕他因此遭人忌害，急把偈抹去。
4）「﹝[惠]能﹞曰，無二之性即是佛性。﹝印宗﹞聞說，歡喜合掌。（頁349c）
聽者在說者言下悟。
3.2 疑問3
5）「師﹝惠能﹞言…與諸人移西方於剎那間，目前便見，各願見否…眾皆頂禮雲，若此處見，何須更願往生…師言…佛性向性中作，莫向身外求；自性迷即是眾生，自性覺即是佛；慈悲即是觀音，喜舍名為勢至，能淨即釋迦，平直即彌陀…自性內照，三毒即除…內外明徹，不異西方…大眾聞說，悉皆禮拜。」（頁352b）
師言眾悟。（參看敦煌本13則）
6）「師〖﹝惠能﹞，下同〗言，吾與大眾說無相頌…
心平何勞持戒？行直何用修禪？
恩則孝養父母，義則上下相憐。
讓則尊卑和睦，忍則眾惡無諠。（原注，無諠別本作莫諠）
若能鑽木出火，淤泥定生紅蓮。
苦口的是良藥，逆耳必是忠言。
改過必生智慧，護短心內非賢。
日用常行饒益，成道非由施錢。
菩提只向心覓，何勞向外求玄？
聽說依此修行，西方只在目前。…
時刺史官僚，在會善男信女，各得開悟，信受奉行。」（頁352a,b,c）
師言眾悟。這頌頌名也叫無相頌，但不見於敦煌本。
﹝惠能﹞徹悟無住無念無相後，特立「無念為宗、無住為本、無相為體」。可見他對「無」的重視。在通行本更編出了「本來無一物」的話。﹝惠能﹞在《壇經》所提到的戒，悔懺，頌都可以加上無相，並不特定某一頌、某一戒（敦煌本開頭，﹝惠能大師﹞…受〖當是授〗無相戒（頁337a），三皈依在﹝惠能﹞說來就是無相三皈依戒（頁354a）、或某一懺悔就是無相懺悔（見懺悔6，頁363c）。
3.3 懺悔6
7）﹝惠能﹞又作一頌名無相頌，這頌卻見於敦煌本，在那裡他說無相頌亦名滅罪頌，他在自述生平（相當通行本的行由1）時就說了這頌，但通行本則記載他到廣詔弘法時才說。
迷人（敦煌本作愚人）修福不修道，只言修福便是道（敦煌本作「謂言修福而是[道]」）。
佈施供養福無邊，心中三惡元來造（于敦煌本作「心中三業元來在」）。
擬（敦煌本作若）將修福欲滅罪，後世得福罪還在（還在敦煌本作無造）。
但向心中（敦煌本作若解向心）除罪緣，各自性中（敦煌本作各自世中）真懺悔。
忽（敦煌本作若）悟大乘真懺悔，除邪行正即（敦煌本即作造）無罪。
學道常於自性觀（敦煌本作學道之人能自觀），即與諸佛（諸佛敦煌本作悟人）同一類（敦煌本作同一例）。
吾祖唯傳此頓法（敦煌本作大師令傳此頓教），普願見性（敦煌本作願學之人）同一體。
若欲當來覓法（法敦煌本作本）身，離諸法相（敦煌本作三毒惡緣）心中洗。
努力自見（自見敦煌本作修道）莫悠悠，後念忽絕（敦煌本作忽然虛度）一世休。
若悟大乘得見性，虔恭合掌至心求。（敦煌本作若遇大乘頓教法，虔誠合掌志心求。）…
一眾聞法，靡不開悟…」（頁354c-355a）
師言眾悟。
3.4 機緣7
8）「僧﹝法海﹞…問曰，即心即佛，願垂指喻。師曰…
即心名慧，即佛乃定；
定慧等持，意中清淨。
悟此法門，由汝習性；
用本無生，雙修是正。
法海言下大悟。」（頁355a,b）
師言徒悟。
9）「[﹝法達﹞曰，]願略說[法華]經中義理，師[作偈]曰，
心迷法華轉，心悟轉法華。
誦經久不明，與義作讎家。
無念念即正，有念念成邪。
有無俱不計，長禦白牛車。
﹝達﹞聞偈不覺悲泣，言下大悟。」（頁355c-356a）
師言徒悟。
10）「[法達]再啟曰…羊鹿牛車與白牛之車如何區別…
師曰…三車是假，為昔時故；一乘是實，為今時故。只教汝去假歸真，歸實之後，實亦無名…﹝達﹞從此領玄旨，亦不輟誦經。」（頁356a）
師言徒悟。
11）「僧﹝智通﹞…初看《楞伽經》…禮師求解其義…曰，四智之義可得聞乎…
師曰…
大圓鏡智性清淨，平等性智心無病，
妙觀察智見非功，成所作智同圓鏡…
﹝通﹞頓悟性智。」（頁356a,b）
師言徒悟。
12）「僧﹝智常﹞…曰…見性成佛之義…乞和尚開示。師曰…吾今示汝一偈，
不見一法存無見，大似浮雲遮日面，
不知一法守空知，還如太虛生閃電；
此之知見瞥然興，錯認何曾解方便，
汝當一念自知非，自己靈光常顯現。
﹝常﹞聞偈已，心意豁然。」（頁356b,c）
師言徒悟
13）「僧﹝志道﹞…曰學人…覽涅槃經十載有餘，未明大意，願和尚垂誨。師曰…聽吾偈曰…
分別一切法，不起分別想，
劫火燒海底，風鼓山相擊，
真常寂滅樂，涅槃相如是…
﹝志道﹞聞偈大悟。」（頁356c-357b）
師言徒悟。
14）「﹝行思禪師﹞…曰，當何所務即不落階級？
師曰，汝曾作什麼來？曰，聖諦亦不為。
師曰，落何階級？曰，聖諦尚不為，何階級之有？
師深器之，令思首眾。」（頁357b）
師設問，令弟子自悟。
15）「﹝懷讓禪師﹞…禮拜。師曰，甚處來？曰，嵩山。
師曰，什麼物恁麼來？曰，說似一物即不中。
師曰，還可修證否？曰，修證即不無，污染即不得。
師曰，只此不污染，諸佛之所護念。汝既如是，吾亦如是。
讓豁然契會。」（頁357b）
師說徒悟。
16）「﹝[玄]覺﹞遂同﹝[玄]策﹞來參…﹝玄覺﹞方具威儀禮拜，須臾告辭。
師曰，返太速乎？曰，本自非動，豈有速耶？
師曰，誰知非動？曰，仁者自生分別。
師曰，汝甚得無生之意。曰，無生豈有意耶？
師曰，無意誰當分別？曰，分別亦非意。
師曰，善哉！少留一宿。時謂一宿覺。」（頁357c）
師徒機鋒對話，徒悟，師印可。
17）「﹝[智]隍﹞…徑來謁師…師雲…汝但心如虛空，不著空見，應用無礙，動靜無心，凡聖情忘，能所俱泯，性相如如，無不定時也。﹝隍﹞於是大悟。」（頁358a）
師言徒悟。
18）「有僧舉﹝臥輪禪師﹞偈曰，
﹝臥輪﹞有伎倆，能斷百思量，
對境心不起，菩提日日長。
師…示一偈曰，
﹝惠能﹞沒伎倆，不斷百思量，
對境心數起，菩提作麼長。」（頁358a,b）
僧舉未悟偈，師示以悟後偈。
正像﹝神秀﹞說時時勤拂拭，﹝惠能﹞說本來無一物，應兩偈合觀才得其全。
3.5頓漸8
19）「師曰…聽吾偈曰，
生來坐不臥，死去臥不坐；
一具臭骨頭，何為立功課？
﹝志誠﹞再拜曰…今聞和尚一說，便契本心。」（頁358b）
師言徒悟。
20）「師曰，聽吾偈曰，
心地無非自性戒，心地無癡自性慧，心地無亂自性定，
不增不減自金剛，身去身來本三昧。
﹝[志]誠﹞聞偈悔謝，乃呈一偈曰，
五蘊幻身，幻何究竟？回趣真如，法還不淨。」（頁358c）
師示偈，徒答偈示所悟。
21）「師[謂﹝行昌﹞]曰…佛比 〖比疑衍〗 為凡夫、外道執于邪常，諸二乘人于常計無常，共成八倒；故於涅槃了義教中破彼偏見，而顯說真常、真樂、真我、真淨。汝今依言背義…縱覽[涅槃]千遍，有何所益？
﹝行昌﹞忽然大悟。」（頁359a,b）
師言徒悟。
22）「師…曰，學道之人，一切善念、惡念應當盡除，無名可名，名於自性，無二之性，是名實性。于實性上建立一切教門，言下便須自見。
諸人聞說，總皆作禮，請事為師。」（頁359c）
師言眾悟。
3.6宣詔9
23）「師曰…汝若欲知心要，但一切善惡都莫思量，自然得入清淨心體，湛然常寂，妙用恒沙。
﹝[薛]簡﹞蒙指教，豁然大悟。」（頁360a）
師言徒悟。
3.7付囑10
「師曰…據先祖﹝達磨﹞大師付授偈意，衣不合傳。
偈曰，
吾本來茲土，傳法救迷情；
一花開五葉，結果自然成。」（頁361a）
在敦煌本裡，﹝達磨﹞的偈說，「吾大 〖應是本〗 來唐國」（大正48，頁344a），使﹝達磨﹞和﹝惠能﹞成了同時代的人，編造的痕跡很明顯，通行本則唐國改茲土就遮掩過去了。
